První dochovaná písemná zmínka o pivovaru je z roku 1499, tehdy dům koupil sladovník Vít Skřemenec. Pivovar U Fleků je jediným pivovarem ve střední Evropě, kde pivo vaří bez přestávky víc než 500 let. Roku 1762 celý podnik zakoupil Jakub Flekovský, po kterém se nyní jmenuje. Téměř celé 19. století patřil dům s pivovarem rodině Pštrossových. Za nich se podnik rozrostl do dnešních rozměrů. Dle některých neověřených pramenů byl rok 1843 pro podnik významný tím, že se zde poprvé začal vařit proslulý Flekovský tmavý 13 % ležák, který se vaří dodnes. S nástupem komunismu byl podnik znárodněn. Původním majitelům – rodině Brtníků ¨- byly pivovar i restaurace vráceny v restituci v roce 1992.
Atmosféru domu podtrhuje výzdoba i stylové zařízení hostinských místností a všech sálů. Od nejproslulejšího sálu Akademie, kde se na přelomu 19. a 20. století scházely známé postavy české kultury, přes Václavku s barevnými vitrážemi, až po podlouhlý sál s gotickou klenbou nazvanou příznačně Jitrnice. Rytířský sál Emauzy je upravený a zařízený v romantickém duchu, na dveřích jsou jména sládků od roku 1499 do roku 1883. V sále Staročeská jsou pozoruhodné výjevy z pivovarského a hospodského života od akademického malíře Ládi Nováka. V Kabaretu jsou veduty českých hradů.
Pivo zde vaří nejdéle sloužící sládek Ivan Chramosil. Nastoupil ke Flekům před více než čtyřiceti lety 1. dubna 1971. V současné době si již vychovává svého nástupce Michala Adamíka, který je prasynovcem Václava Brtníka, předválečného majitele a sládka.
V sedmdesátých letech byla restaurace jedna z mála v Praze, která zavírala až o půlnoci. Pivo bylo na svou dobu drahé - 4,10 Kčs, v té době stála desítka 1,70 Kčs. Navíc se platilo hned. Kdo nedal bůra, už si ho vrchní nevšímal a další pivo nedostal. Rekordní výtoč byla na 1. máje 1973, kdy se zde vyčepovalo 54 hektolitrů. V té době se zde vařilo kolem 6000 hektolitrů flekovské černé třináctky ročně, v současné době jenom 2000 hl. Změnila se totiž struktura návštěvníků, dříve to byli hlavně domácí a turisté z východního a západního Německa, teď Japonci, Španělé, Italové, kteří pivo spíše jen ochutnávají, než konzumují. Ovšem absolutního rekordu bylo dosaženo během Všesokolského sletu v roce 1932, kdy se za jeden den vypilo 124 hektolitrů. Nejen tímto rekordem se pivovar zapsal do historie sportu. V roce 1911 zde skupina chorvatských studentů Karlovy university po zhlédnutí zápasu Sparta-Slavia založila fotbalový klub Hajduk Split.
